uniquereads什么意思

当二代测序的原始信息拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqcprojectsfastqc。fastqc的详细使用说明:projectsfastqcHelp我们在服务器上用命令行来运行fastqc:f

读取Unique reads 视频 搜索分享QQ空间QQ好友新浪微博微信读取Unique reads panhoy全文 samtools view accepted.bam | grep '\bNH:i:1\b' accepted_unique.sam本站是提供个人知识管理的网络存储空间,所有内容均由用户发布,不代表本站观点。请注意甄别内容中的联系方式、诱导购买等信息,谨防诈骗。如发现有害或侵权内容,请点击一键举报。 转藏分享 QQ空间QQ好友新浪微博微信献花(0)panhoy举报/认领发表类似文章 更多如何从bam文件提取unique mapping reads呢?如何从bam文件提取unique mapping reads呢?Q1: 如何从比对影响bam文件里面提前unique mapping的

要判断一条read是否unique,需要看SAM文件的optionalfields.在NGS信息中,Unique reads指的是只能map到一个位置的reads.

unique reads:在参考组上只有一个匹配点.the quantity of unique reads :25159791-1027691=.

MapQ值能够反映比对影响的可靠性,通过设定不同的MapQ阈值(如15、20或30等),研究者可以有效筛选出符合要求的比对reads,提高后续研究的准确性。.现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了,而转向使用mapq值来保留高质量的比对影响。因此mapq值反应了一组比对影响发生的可能性,MapQ = -10 log10(P), 比如影响为10,那就是1/10的概率会出现这个比对影响,如果我们认为0.05%是一个小概率的话,那个m

匿名网友分类:人文社科被浏览29次2017.08.17 全屏 更方便哦～ 答答360问答团队最勤劳最可爱的答答 2017.08.17 下面是答答童鞋给您的小建议,您看靠谱吗?初来乍到,弄错了您不要生气哦(*^__^*) 答答小贴士 全部回答(1) 匿名网友2017.08.17 译文:特有的读取 为您推荐 分享至好友和朋友圈 今日热点 问答一刻更多 换一批 广告周围人还关注 广告猜你关注 正在为您准备您擅长的难题 有没有感兴趣的? 换一换 点我做任务, 抽手机哦恭喜完成日常任务“天天助人1” 10金币奖励已发放 继续做任务 任务列表 啊哦,你还是无名氏 登录 登录做任务,奖励多多,还可抽手

unique reads的含义 unique reads(唯一读段)是生物信息学中的概念,指在参考组上只有一个匹配点的reads(读长)。 例如在tophat的影响案例中,可

统计完全一样reads的频率,横坐标是duplication的次数,纵坐标是duplicated reads的数目,以unique reads的总数作为100%.重复数目≥10的reads被

从贴好的bam文件中读取unique mapped reads,来进行下一步的研究.tophat贴的影响对于非unique的reads会反复出现在bam/sam中,所以不挑unique reads后续影响会不准确.

随后,使用'samtools view'命令查看比对影响,并使用'-f'参数过滤掉不唯一比对的reads.获取Unique reads 要获取Unique reads,可以通过以下几种方法: 使用Bowtie2软件:首先要做的是,将fastq文件用Bowtie2比对到参考基因组上。随后,使用'samtools view'命令查看比对影响,并使用'-f'参数过滤掉不唯一比对的reads。最后,使用'samtools sort'命令对影响进行排序,并使用'samtools index'命令建立索引。 使用BWA软件:首先要做的是,将fastq文件用BWA